学院设有7系,即生态工程系、资源环境系、应用技术系、生物技术系、经济贸易系、计算机技术系、人文社科系，
生态工程系
黑龙江生态工程职业学院生态工程系，原名林学系，成立于1981年。2004年在原林学系基础上成立了生态工程系。生态工程系现有专兼职教师32名，其中教授3名，副教授4名，讲师13名，省级教学名师1名，省级优秀教师2名，省级教学新秀1名，博士1名，在读博士研究生6名，具有硕士学位教师14名，在读硕士研究生5名；双师型教师26名，占专任教师的比例为84%以上。下设园林教研室、林业教研室、园艺教研室、植物生态教研室等四个教研室，其中园林教研室在2007年被评为省级优秀教学团队。《园林植物育种技术》、《园林规划设计》、《花卉生产技术》被评为省级精品课程。
生态工程系现开办四个专业，以园林类专业为主，设有园林技术、园林工程技术、环境艺术设计(景观艺术设计方向)、林业技术等四个专业，是黑龙江省高职高专教育园林类专业教学指导委员会秘书长单位。其中园林技术专业被列为黑龙江省高职高专骨干院校的重点专业，2011年被列为中央财政支持的职业教育实训基地建设项目，2012年被列为中央财政支持重点专业建设项目；林业技术专业被列为黑龙江省重点建设专业。该系现有在校生人数777名。生态工程系现有园林设计、组织培养、植物保护、植物环境、园林机械、种苗、花卉应用、环艺设计等实训室，并建有苗木花卉生产、植物园等校内实训基地。同时与多家科研院（所）、园林绿化公司、苗圃、环艺设计公司等相关企业协作建立了校外教学实习、岗位实训基地，为高技能应用型人才培养奠定了基础。
本系承担和参加了黑龙江省森工总局教育规划课题、国家自然科学基金、黑龙江省教育厅、黑龙江省森工总局青年基金课题等科研项目20余项，出版著作和教材20余部，发表论文70余篇，在科研和科技服务方面取得丰硕成果。
由生态工程系学生组成的团队在多次大赛中获奖。2011年组建的卓越创业团队参加中国移动杯大学生创业大赛，在全省大专院校位列第12名，并获得了优秀创业团体奖，两位教师获得优秀指导教师奖的好成绩；在第十二届黑龙江省插花花艺比赛中，作品《意茗》、《生命之歌》、《新生》分别获得一、二、三等奖；在第五届黑龙江省大学生冰雕艺术设计大赛中，作品《银杏家园》荣获制作类最佳表现奖；在全国第二届大学生冰雕艺术设计大赛中，作品《冰界精灵》荣获最佳创意奖；在黑龙江省第十届雪雕大赛中，雪雕作品《融合》荣获铜奖，《飞翔》、《律动》获得优秀奖；由黑龙江省插花花艺研究会和东北林业大学园林学院联合举办的平面干燥压花画大赛，参赛学生队伍获得平面压花画大赛电脑压花设计二等奖和两个优秀奖的好成绩。
生态工程系以立足生态环境建设，培养高技能型人才，服务生产建设第一线为办学宗旨，加强双师型师资队伍建设，提高教学水平，为社会培养了大批生态环境建设方面的技能型、应用型高端人才。毕业生就业于哈尔滨及省内外园林绿化公司和林业等部门，2010、2011年毕业生就业率达90%以上。
资源环境系
资源环境系成立于2006年，是具有学院环保办学特色的教学系（部），主要承担学院的环保类专业的人才培养工作。现下设生态保护、环境工程和环境管理3个教研室。现有专兼职教师22名，其中专任教师16名，教授1名，副教授2名、高级工程师2名、讲师11名，具有硕士学位教师12人、在读博士学位教师3名，专业带头人5名，骨干教师7名，具双师型教师12人。该系有国家财政支持项目1项，省级骨干校重点专业建设项目2项，省级精品课1门，院级精品课3门。
该系现开设资源环境与城市管理、环境监测与治理技术、环境监测与评价、室内检测与控制技术4个专业，在校生人数405名。现有环境化学、环境监测、大型仪器分析、环境信息、水污染控制、大气污染控制实训室6个。
该系与黑龙江省森林工业总局环境监测站、龙江环保集团股份有限公司、哈尔滨北方环保公司、哈尔滨利林污水处理厂、大庆市东城区污水处理厂、格瑞尼室内环境检测有限公司、哈市垃圾发电厂、哈市向阳垃圾填埋厂、哈尔滨市环境监测中心站等20多个企事业单位建立了校企合作关系，为学生更好的实习实践，提高职业技能创造良好的环境和条件。
该系在科研和科技服务方面，主持和参与黑龙江省教育厅、黑龙江省森工总局等科研项目10余项，主编和参编高职高专类教材10余部，发表学术论文50余篇。
该系学生曾获天虹杯全国高职高专环保类专业环境监测技能大赛获团体和个人三等奖。该系已为城市污水处理、环境监测与控制等企事业单位或部门，培养毕业生979人，近三年就业率90%以上。
应用技术系
应用技术系前身为创建于1953年的东北森林工业实验学校的森林工程系和林产工业系，2004年4月两系合并组建环境工程系，2006年7月更名为应用技术系，是学院办学历史最长和最能体现高职应用性特色的教学系。设有家具技术、艺术设计、建筑技术、机电设备、应用数学5个教研室。现有教职工56名，专职教师37名，兼课教师10名，专职辅导员9名；具有博士学位教师1名，硕士学位（含在读硕士研究生）教师22名。专职教师中教授3名，副教授13名（含高级工程师），讲师11名；兼课教师中教授（含研究员）3名，副教授（含副研究员）7名。系内现有省级名师1名，专业带头人7名，骨干教师12名，双师素质教师26名。2008年，黑龙江省教育厅批准该系室内设计技术专业为省级优秀教学团队，《工程测量与地形图测绘》课程为省级精品课。2011年，黑龙江省教育厅批准该系家具设计与制造、室内设计技术两专业为省级重点专业。
该系现开设家具设计与制造、木材加工技术、室内设计技术、建筑工程技术、工程监理、应用电子技术、通信技术、汽车技术服务与营销等8个专业，在校生1780名。设有美术绘画、工程设计、室内设计、装饰技术、建材检测、工程测量、电器安装等校内一体化实训室，与校外60多家企业建立了校企合作关系，顶岗实习和就业基地100多处。近三年毕业生就业率达95％以上。
该系注重教师学术及科研水平的提高，学术科研成果丰硕。已主持参加出版教材及教学参考书共30余部，主持完成科研与教研课题10余项，主持完成国家标准和林业行业标准10余项，获得省及地市级自然科学技术和教育科学研究成果奖20余项，在各类学术刊物上发表论文200多篇。
该系注重学生职业技能的培养，已先后获得黑龙江省职业院校职业技能大赛家用电器产品维修三等奖1项，优秀奖3项，电子产品设计及制作三等奖1项；电子设计(嵌入式产品开发)三等奖1项；基站建设维护及数据网组建二等奖1项；芯片级检测维修与信息服务二等奖1项；三网融合与网络优化三等奖1项。获得哈尔滨市家具行业协会黎华家具城杯家具设计大赛二等奖1项、三等奖2项，优秀奖8项，入围奖63项；中国建筑学会室内设计分会和成新人杯全国青年学生室内设计竞赛鼓励奖3项，入围奖28项；黑龙江省文学艺术联合会艺术设计新人奖13项；黑龙江省大学生职业生涯设计竞赛优秀奖3项；黑龙江省大学生演讲大赛二等奖2项。
展望未来，应用技术系将根据学院的发展定位，围绕区域和社会经济发展的需要，重点在现代城市建设、改善人居环境、新能源利用等方面培养高端技能型专门人才，并为黑龙江省森工林区培养急需的应用性人才，不断创新现代高等职业教育的理念，把握教学规律和特色，全面提高专业教师的业务水平和职业素养，为把学院建设成为省级骨干高职院校做出应有的贡献。
生物技术系
生物技术系成立于2004年，其前身是林业多种经营系，是我院最具发展空间和潜力的教学系，下设食品、中药、基础三个教研室，现有专职教师27名，其中骨干教师2名，专业带头人3名；教授1名，副教授7名，讲师10名；硕士及在读硕士教师14名，具有中药执业药师或国家二级公共营养师资格的双师型教师11名，另从合作单位聘请具有丰富实践经验的10余名专业技术人员作为兼职教师，承担专业技能课的授课任务。形成了以教授、副教授为专业带头人，以双师型教师为骨干，以兼职教师为技术指导，结构合理、工学结合、素质优良的专业教学团队。现开设中药（鉴定与营销方向）、食品营养与检测和中药制药技术三个专业，面向全国招生。
教学上该系注重学生实践能力的培养，强化实践教学，融教、学、做一体，使学生在学习期间能够熟练掌握专业职业技能，目前拥有药用植物、中药鉴定、中药制剂、中药炮制、中药标本馆、食品营养与检测、食品工艺、食品微生物等9个实训室，能够满足各专业的教学需求。本着从职业岗位需求出发，坚持工学结合的办学理念，积极与哈药集团中药二厂、哈药集团三精制药股份有限公司、哈药集团世一堂制药股份有限公司、珍宝岛制药股份有限公司、葵花制药股份有限公司、哈尔滨三木制药股份有限公司、长春新安药业有限公司、哈尔滨正大食品有限公司、佳木斯顺达食品有限公司、德州双汇食品有限公司、天津完达山乳品有限公司等多家单位建立了协作关系，为学生提供实习、实训场所，结合顶岗实习，达到与职业岗位接轨的要求。学生在校通过专业技术教学和考核，可全部获得相应专业职业技能证书。几年来培养的毕业生深受用人单位欢迎，就业质量高，就业率始终保持在95%以上。
经济贸易系
经济贸易系成立于2003年，前身是具有50余年历史的经济管理系。现有教职员工29名，其中专任教师22名，教授1名，副教授10名，双师型教师16名。形成了一支以副教授为学科带头人、以双师型教师为实践教学骨干的、具有较高专业素养和业务能力的专业教师队伍。近几年累计承担各级科研项目 15项，发表学术论文50余篇，出版教材17部。
经济贸易系下设商贸、管理基础、财经三个教研室，着力培养会计、市场营销、物流管理等方面的高素质技能型人才。2012年将开设市场营销、市场营销（连锁零售管理方向）、会计（注册会计师方向）、会计（会计电算化方向）、物流管理等四个专业。经济贸易系拥有现代化的校内市场营销、会计综合实训室 2 个， 供学生实际动手操作。共有13个校外实习实训基地，今后着力加强校外实习（实训）基地建设，力争所有专业都拥有校外实习实训基地三处以上。
经济贸易系现有学生1014名，学生来自全国10多个省、市、自治区。近几年毕业生就业率均在95%以上，取得了良好的社会效益。多年来，培养了一批又一批的优秀人才，毕业生广泛分布于管理、经贸、财务领域的多个部门和岗位，均能很好地胜任本职工作，成为业务骨干，有些已经走上了领导岗位。
2012年经济贸易系将着眼于未来人才市场发展的需要，积极探索，科学预测，在理念创新、教学改革、专业建设、实训基地建设等方面将做出更加辉煌的成绩。
人文社科系
人文社科系是我院具有文科特色办学的教学部门之一。经过多年的发展，现已有旅游、中文、外语3个教研室，专任教师35名。其中教授3名，副教授10名，讲师17名，助教5名，双师型教师22名。专职辅导员3名。形成了以骨干教师为专业带头人，教授、副教授为学科带头人，校内外双师教师为实践性教学骨干的专业教师队伍。截止目前，教师出版著作38部，发表论文220余篇，完成地市级以上教学科研课题21项。
经过市场的详细调研和实践的充分验证，现已开办的旅游管理、酒店管理、会展策划与管理、旅游英语、文秘5个专业，受到社会的一致好评。各专业以岗位能力为牵引，理论教学实行模块化，以任务驱动为引领，以完成任务使学生能力得到逐步提高。实践教学内外互补，校企合作育人。为满足学生实训的需要，建设了旅游管理专业和酒店管理专业省内一流的实训基地学院培训中心、形体礼仪实训室、模拟导游实训室、会展教学做一体化实训室等。同时，为强化学生的实践技能，拥有了一批良好合作基础的实习基地。经过与杭州宝盛旅业有限公司、上海亚湾酒店管理公司、哈尔滨香格里拉大饭店、哈尔滨万达索菲特大酒店、黑龙江省旅游培训中心、哈尔滨华融旅行社有限公司、五大连池日河等多家旅行社、哈尔滨市太阳岛风景区资产经营有限公司、哈尔滨长城展览有限公司、哈尔滨中信伟业展览有限公司、哈尔滨名海展览服务有限公司、哈尔滨冰洽园展览服务有限公司等企业的友好合作，校企联系更加紧密。2011年，我系酒店管理和会展策划与管理专业被批准为黑龙江省重点专业建设项目。
经过多年的发展，办学成绩得到了社会的承认。其中，会展策划与管理专业是黑龙江省开办最早的院校之一，与省内外用人单位有着广泛而紧密的联系，业内知名度逐渐提高，被哈尔滨市会展办命名为哈尔滨市会展业人才培训基地。酒店管理专业实行订单式培养，校企合作，特色鲜明。截至目前，我系已为社会培养1000与名合格高职毕业生，毕业生就业率高达95%以上，得到用人单位的好评。
计算机技术系
计算机技术系成立于2001年，是学院教学水平高、就业好、教学设备先进、设施齐全的教学部门。该系下设网络与通信、软件技术、图像与动漫三个教研室。现有专兼职教师30多名，其中专任教师16名，教授3名，副教授3名，讲师和工程师20多名。专任教师中在读博士1名，具有硕士学位的3名，在读硕士4名。教师绝大多数具有双师素质，专业水平高，技术能力强，并且品德高尚，关爱学生，为人师表，教书育人，既是学生的专业教师，又是其人生导师，深受学生欢迎。该系人才培养成果显著，创建以来已培养出高职、成人等各类计算机专业技术人才800多名。
该系现开设计算机网络技术、软件技术、动漫设计与制作、图形图像制作（平面设计）4个专业，拥有计算机网络技术教、学、做一体化室、软件技术实训室、平面设计实训室、动漫设计实训室、计算机组装与维修实训室、绘画室等十个实训室，微机总量近400台，全部是高配置的联想品牌机。该系教学手段先进，实训室和微机室都装有先进的多媒体网络教学系统，所有微机都连成局域网并可通过校园网高速访问因特网，教学过程中全部实行多媒体课件教学。
该系在教学上注重学生专业技能培养，强化实践教学环节，加大专业实践力度，各专业实践教学比例均超过60%。为了更好地培养学生的专业技能并学以致用，在教学过程中通过任务或项目驱动、案例教学、启发式教学、教学双向互动等方式方法将教、学、做有机融于一体。将教学与实际应用相结合，使学生的知识、能力与实际工作岗位要求相接轨。
该系重视应用科研和教研工作，科研成果丰富，教师主持编写并公开出版教材6部，发表学术论文60余篇，完成地市级以上科研课题10余项，教师主持的软件开发项目10余项，部分软件已投入使用。
该系已加入了思科网络技术学院理事会，成立了思科网络技术学院。还同多家网络公司、软件公司、图文设计公司、动漫设计与制作公司建立了校企合作关系，现拥有10多个校外实习实训基 地，能充分 满足各专业学生实习实训的需要。
为了发挥学院和著名IT类企业集团双重优势，更好地培养计算机类高职人才，提高学生就业质量，从2010年起，计算机技术系与安博集团开展专业共建，实行订单式培养，入学后安博集团与学生签订就业协议，前两年在校内利用安博集团的网上实训平台进行教学和实训，然后在安博集团大连实训基地进行项目实训，最后在专业对口企业带薪顶岗实习，毕业时安博集团给安排工作。工作地点可自行选择在大连、天津、北京、上海、苏州、昆山、哈尔滨、长春、济南等地，不仅就业地区好而且工资和待遇都较高。
共开设环境治理技术、环境监测与评价、园林工程技术、园林技术、建筑工程技术、应用电子、通信技术、室内设计技术、工程监理、食品营养与检测、会计、市场营销、软件技术等30多个专业。
